ഭൂത-വര്‍ത്തമാനങ്ങള്‍ ഒരേ ആഖ്യാനപ്രവാഹത്തില്‍ ഇണക്കി ആഖ്യാനകാലത്തെ വിച്ഛിന്നമാക്കുകയാണ് വേരുകളില്‍ മലയാറ്റൂര്‍. വേരുകള്‍ ഭൂതകാലവും ഓര്‍മ്മയുമാണ്. രഘുവിന്റെ ഓര്‍മ്മകള്‍ ഭൂതകാലത്തേക്കു നീങ്ങുന്നു. ഗ്രാമത്തിലെ വീടും പറമ്പും വില്‍ക്കാന്‍ തീരുമാനിക്കുമ്പോള്‍ അയാള്‍ അനുഭവിക്കുന്ന സംഘര്‍ഷമാണ് വേരുകളില്‍ നോവലിസ്റ്റ് ആവിഷ്‌കരിക്കുന്ന പ്രധാന പ്രശ്‌നം. പൈതൃകമാണ് ഇവിടെ ഭൂതകാലം. വേരുകള്‍ മനുഷ്യനും മരണത്തിനുമിടയിലാണെന്ന് തിരിച്ചറിഞ്ഞുകൊണ്ടാണ് വീടും പറമ്പും വില്ക്കണ്ട എന്ന് രഘു തീരുമാനിക്കുന്നത്.